游戏的背景在轩辕剑叁之前的150年，其时陈国欲进攻隋朝，然而数万大军大一夜之间被一个手执轩辕剑的十余岁少年所灭。
16年后的某一天，陈国的少主陈靖仇与师父陈辅上到伏魔山，寻找传说中的到昆仑古镜，师父希望陈靖仇可以找到琴、镜、印、石、鼎五件上古神器，以重复陈国江山，然而主角却对此很不感兴趣，惹来师父的一顿教训。在洞前发现了天狗蚀日与妖星天象，似乎预兆着灾难的发生。在洞中取起昆仑镜时却唤醒了远古守护神饕餮，师父击飞仇儿，拼全身功力结成冰丝，与魔兽同时封在洞中，告诉仇儿去雷夏泽找师伯公山先生相助。
下到山脚仇儿唤出了其一属性的符鬼（其为一可爱的宠物狗），进入了月河村。向村民打听雷夏泽的方位，但是村里因河神祭而禁止任何人过桥，便只好在旅店里休息，见着了一号女主角的于小雪，她聪明美丽，但是一头白发胜雪。第二天却听到小雪愿意代替大夫的女儿去作祭品，以希望大夫能免费为其弟弟医病。仇儿答应小雪的弟弟救回小雪，于是来了月河河洞，却被村民认为是想骗钱的神棍。主角唯有与小雪跳下洞中，河神出现原是一鲛鱼精，放倒它后救出了小雪，两人回到村里发现鲛鱼精正在大肆杀害村民，虽然仇儿再一次打败了它，但村民将一切后果推在他身上，他们将仇儿和小雪赶出村子。小雪哭别村庄，天大地大，却只有与仇儿一同流浪了。（可为村中的乞丐取15碗水，得到金创药）。
两人来到了雷夏泽见到的却是一位病重的老人，原来师伯曾被轩辕剑所伤，已是自身难保，此时师母告诉两人只有找到上古神器神农鼎，用其炼药方可治好师伯，但此鼎据传被宇文拓夺走。仇儿为救师父，只有冒险去尝试了。（可在门口与小孙女玩猜数字）。
在黑山镇的客栈休息时，却发现官兵到处抓小孩，为的竟是取血给某郡主养颜。仇儿正待出手时，一胡人少女路见不平打败隋兵，但其首领却化身妖魔，少女不敌，仇儿立即相助，消灭妖魔后那少女却不领情，这时其姐夫张烈出现，感谢仇儿相助，欲在客栈以酒相待，但探报发现一妖魔隋兵出现在部落附近。仇儿愿意一同前去。三人来到大雁岭隋军营中，发现了被捉住的小孩，三人消灭妖魔隋军后救回众小孩。后来知道原来张烈就是拓拔族的首领，那位少女名叫拓拔玉儿。
两人应邀来到张烈的营中作客，向部落打听神农鼎的消息，几天后得知被该鼎目前被皇帝从宇文太师手中要回来，在回程的船中。仇儿两人正待离开，此时玉儿却先行一步，偷出营去独自找神农鼎，张烈也加入仇儿的队列，一同去找玉儿与神农鼎。
来到芦家渡，发现官兵正在此处强抢民女为皇帝征妃子，所有渡船都不能开走，三人想到改扮混上船，于是张烈去找官兵服。仇儿与小雪在渡头找到红花，再用皮靴与屋内的小女孩换得发簪，以铁戒指和手镯与一老婆婆换得一套女服，三人在客栈里换完装轻松地混上了船，但在船上却并没有发现玉儿的踪迹，不久后被隋兵识破，只有打败所有敌人，放走了被捉的少女。三人劫船开往大梁。
在大梁一老翁处知道神鼎就在船上，因此仇儿三人趁守卫的空隙溜上了船，寻找神农鼎和玉儿的下落。在一房中发现了假的神农鼎，原来是一群无能的官以假充真骗皇上，真的已被一“混世魔王”所夺。三人在层层迷宫中发现了一个很像玉儿的宫女，于是跟着走，最后在大殿发现果然是玉儿，她不知天高地厚去行刺皇帝，此时宇文拓护驾，将玉儿打伤（反角也是一个年少的帅哥哟），仇儿放出烟幕弹救出玉儿，三人跳水逃离。皇帝下令宇文拓捉拿凶犯，此时宁珂郡主出现，希望与宇文太师一起出外闯一闯。（在城中可与小朋友玩推理游戏，答案是小四）
玉儿从昏迷中醒来，张烈要带她回部落，但玉儿得知仇儿继续去找神农鼎，不管说什么也要一起，张烈只有独自离去。三人来到豆子坑的客栈，遇上了程咬金和秦叔宝。此时隋兵又再出现，玉儿性格火爆，三两下就动手了，三人从而与程、秦两人识英雄重英雄。三人来到魔王砦，却无法进入，于是回豆子坑，替车夫找到香包后（在上山的路口），他将三人送进了魔王砦。仇儿在里面发现混世魔王居然是程咬金。此时宇文拓亲自出现了，抢走鼎后嫁祸给仇儿三人，于是程咬金和三人打了起来，一战之后秦叔宝看破宇文太师的嫁祸计。玉儿答应十五天内找回鼎，再和程咬金大打一架，从他手中光明正大地取回鼎。
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